Der Versand von Rechnungen und anderen wichtigen Dokumenten via E-Mail ist neben dem alten Postversand von Papierbelegen aus dem Alltag nicht mehr wegzudenken. Die Finanzverwaltung hat hierzu Vorgaben entwickelt, wie die elektronischen Dokumente steuersicher zu archivieren sind. Zunächst müssen steuerrelevante E-Mails identifiziert werden. Dazu gehören nicht nur Ein- und Ausgangsrechnungen, sondern auch andere Dokumente, z. B. Ausfuhrnachweise und Gelangensbestätigungen, die für die Besteuerung oder auch für bestimmte Steuerbefreiungen von Bedeutung sind.

Elektronische Rechnungen muss ein Unternehmen zwingend elektronisch aufbewahren. Zusätzlich ist ein Ausdruck in Papierform zulässig, jedoch nur ergänzend zur elektronischen Aufbewahrung. Für die elektronische Aufbewahrung wäre es grundsätzlich ausreichend, die E-Mails im E-Mail- Programm zu belassen. Voraussetzung hierfür ist jedoch, dass die steuerrelevanten EDokumente genauso archiviert werden, wie diese das Unternehmen verlassen haben oder im Unternehmen eingegangen sind. Während des gesamten Archivierungszeitraums von zehn Jahren sind die Echtheit der Herkunft, die Unversehrtheit des Inhalts und die Lesbarkeit der Rechnung sicherzustellen.

Komfortabler für den Unternehmer wäre die Archivierung der elektronischen Dokumente in einem separaten Programm, das idealerweise eine Schnittstelle zur Finanzbuchführung aufweist. Eine derartige Softwarelösung bietet beispielsweise die DATEV eG mit dem Programm „Unternehmen Online“ an. Neben der finanzamtskonformen Archivierung der Belege kann der Unternehmer mit dieser Lösung auch entscheiden, ob vertrauliche Dokumente, z. B. Herstellerkorrespondenz, für den Abruf der Daten durch die Finanzverwaltung geschützt bleiben.