Gemeinnützige Vereine finanzieren ihren laufenden Geschäftsbetrieb regelmäßig über Mitgliedsbeiträge. Darüberhinausgehende Einnahmen stammen, wie auch bei Stiftungen, üblicherweise aus Spenden sowie selbst erwirtschafteten Erträgen. Letztere können z. B. aus Kapitalerträgen, Vermietungserträgen oder aber aus einer eigenwirtschaftlichen Betätigung (Zweckbetriebe oder wirtschaftliche Geschäftsbetriebe) resultieren.

An die Verwendung der zur Verfügung stehenden Mittel werden hohe Anforderungen geknüpft, deren Erfüllung die Voraussetzung für den Erhalt des Privilegs der Gemeinnützigkeit darstellt:

Die Verwendung der Mittel darf nur für satzungsmäßige Zwecke erfolgen. Insbesondere dürfen keine wirtschaftlichen Zwecke gefördert werden, weshalb ein Verlustausgleich im wirtschaftlichen Geschäftsbetrieb grundsätzlich unzulässig ist. Vergütungen und Aufwandsentschädigungen von Vorstandsmitgliedern von Vereinen und Stiftungen müssen in der Satzung determiniert sein und sich in einem angemessenen Rahmen bewegen. Zuwendungen an Vereinsmitglieder oder Gesellschafter sind dagegen grundsätzlich gemeinnützigkeitsschädlich. Ausgenommen hiervon sind Annehmlichkeiten, wie sie allgemein üblich sind.

Die Verwendung der Mittel muss zudem zeitnah erfolgen. Das Gebot der zeitnahen Mittelverwendung gehört zu den zentralen Vorschriften des Gemeinnützigkeitsrechts. Es bedeutet, dass eine gemeinnützige Organisation ihre Mittel grundsätzlich zeitnah, spätestens in den auf den Zufluss folgenden zwei Kalender- oder Wirtschaftsjahren, für ihre steuerbegünstigten satzungsmäßigen Zwecke verwenden muss. Auch die Anschaffung oder Herstellung von Vermögensgegenständen, die satzungsmäßigen Zwecken dienen, gilt als Mittelverwendung. Die Pflicht zur zeitnahe Mittelverwendung kann jedoch gegebenenfalls durch die Bildung von Rücklagen vermieden werden. Hierzu zählen insbesondere zweckgebundene Rücklagen, wie etwa zur Finanzierung eines Förderprojektes oder für die An- oder Wiederbeschaffung eines den Satzungszwecken dienenden Wirtschaftsgutes. Aber auch freie Rücklagen zur Stärkung der eigenen Kapitalbasis sind denkbar.